Яндекс сначала разбирается, а потом наказывает

Поисковая система Яндекс решила по-новому определять случаи заражения веб-ресурсов, которые делегируют собственные поддомены. Если ресурс-домен распространяет вредоносный код, как правило, заражаются и сайты-поддомены.

Проще говоря, при заражении доменов, все поддомены являются зараженными по умолчанию. Однако если заражён сам поддомен, прочие ресурсы домена не считаются вредоносными до тех пор, пока не будет найден определенный код. Исключение составляют прогрессирующее заражение или «бегущую волну».